南苑病理科承担本院的组织病理学检查、细胞学检查及外院病理会诊等工作，现有8名专业技术人员，可开展常规组织病理学诊断、术中快速冰冻切片诊断、宫颈脱落细胞学诊断、免疫组织化学染色、HPVDNA检测、HPVE6/E7检测、宫颈脱落细胞DNA倍体分析、细胞/组织HPVL1壳蛋白检测等多项检查，设有病理取材室、病理诊断室、病理技术室、分子病理室、细胞病理室、病理档案管理室、会诊接待与病理资料查询室等。配备图文报告分析系统、组织切片机、冰冻切片机、全自动脱水机、全自动免疫组化仪、全自动染封一体机、薄层液基细胞离心机、DNA倍体分析，流式荧光杂交仪等多种设备，保证病理技术制片的质量，提高病理诊断报告的可靠性与稳定性。对卵巢肿瘤、子宫肿瘤、子宫内膜病变、宫颈病变、胎盘病变等病理诊断与分析具有丰富的临床病理经验。

2005年在曲靖地区率先开展薄层液基细胞制片技术，用于宫颈癌筛查；2008年率先在曲靖地区开展HPVDNA检测，可了解发生宫颈癌的风险以及为早干预早治疗提供依据；2010年圆满完成全国妇联母亲健康快车在曲靖组织的6300例宫颈癌筛查的HPV检测工作；2011年向国家卫生部医药卫生科技发展中心申请“宫颈癌发病情况及DNA定量分析技术应用于宫颈癌筛查的临床研究该课题”的研究，共完成30000余例的课题检测工作；2017年荣获曲靖市科技进步奖三等奖；2019年率先在曲靖市开展HPVL1壳蛋白检测,为临床医师如何应对HPV感染患者的治疗提供技术支持。